Im Mittelalter diente der Klostergarten vor allem als Nutzgarten. Hier wurden nicht nur Gemüsebeete für den täglichen Nahrungsbedarf kultiviert, sondern auch Kräuter und Heilpflanzen für medizinische Zwecke angebaut. Antike Werke zur Pflanzen- und Heilkunde und mündliche Zeugnisse lieferten das nötige Grundwissen, auf dem Klöster nach und nach aufbauen und schließlich eigene Abhandlungen hervorbringen konnten. Indem Klöster Fachwissen, Samen und Pflanzen austauschten, entstand ein botanisches Netzwerk, das auch dazu beitrug, mediterrane und orientalische Gewächse in Mitteleuropa zu verbreiten und zu kultivieren. Die Arten wurden systematisch erfasst und beschrieben, was die Klostergärten als Vorläufer der botanischen Gärten, die ab dem 16. Jahrhundert im medizinischen Umfeld der Universitäten entstanden, erscheinen lässt. Heutige Klostergärten (siehe Abbildung) sind Rekonstruktionen mittelalterlicher Anlagen, wie hier im ehemaligen Kloster Allerheiligen in Schaffhausen.
Kloster Allerheiligen in Schaffhausen (Schweiz), Farbphotographie, 2009, Photograph: Roland zh; Bildquelle: Wikimedia Commons, http://commons.wikimedia.org/wiki/File:Schaffhausen_-_Kloster_Allerheiligen_IMG_2697.jpg?uselang=de, Creative Commons Lizenz Namensnennung – Weitergabe unter gleichen Bedingungen 3.0 nicht portiert.